Με το Ν. 4384/2016 (ΦΕΚ Α΄78) «Αγροτικοί Συνεταιρισμοί, μορφές συλλογικής οργάνωσης του αγροτικού χώρου και άλλες διατάξεις», που ισχύει από τις 26 Απριλίου 2016, η εποπτεία επί των ΑΣ ασκείται από το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, δια της Διεύθυνσης Οικονομικών Ελέγχων και Επιθεώρησης (Αρμόδια Αρχή).

Το βασικό εργαλείο της Αρμόδιας Αρχής για να ανταποκριθεί όσον το δυνατόν πληρέστερα στην υλοποίηση των σκοπών της είναι το Εθνικό Μητρώο Αγροτικών Συνεταιρισμών και άλλων Συλλογικών Φορέων (στο εξής Μητρώο) του άρθρου 19 του Ν. 4384/2016, που αποτελεί συνέχεια του Εθνικού Μητρώου Αγροτικών Συνεταιριστικών Οργανώσεων και Διεπαγγελματικών Οργανώσεων, που συστάθηκε με το άρθρο 2 του 4015/2011, στο πλαίσιο άσκησης της κρατικής εποπτείας επί των Α.Σ. και αποτελεί μια ηλεκτρονική βάση δεδομένων και πληροφοριών.
Στο Μητρώο καταχωρίζονται, μέσω ηλεκτρονικά υποβαλλόμενων αιτήσεών τους, όλοι οι Αγροτικοί Συνεταιρισμοί (Α.Σ.), οι Κλαδικοί Εθνικοί Α.Σ., οι Κλαδικοί Α.Σ. οι Αγροτικές Εταιρικές Συμπράξεις, οι Αναγκαστικοί Συνεταιρισμοί και το Ταμείο Αγροτικής Συνεταιριστικής Εκπαίδευσης και Κατάρτισης.

Εντός ενός (1) έτους, από την έναρξη ισχύος του νόμου 4384/2016, όσοι Α.Σ. λειτουργούν και είναι εγγεγραμμένοι στο Μητρώο, οφείλουν να προβούν σε τροποποίηση των καταστατικών τους σύμφωνα με τις διατάξεις του και να προσαρμοστούν στη διάταξη της παραγράφου 1 του άρθρου 4 του Νόμου αυτού, ως προς τον αριθμό των μελών τους.

Με το άρθρο 13 παρ 5 του Ν.4492/2017 (ΦΕΚ Α΄156/18-10-2017) παρατείνεται η προθεσμία προσαρμογής των καταστατικών των Αγροτικών Συνεταιρισμών που λειτουργούν και είναι εγγεγραμμένοι στο Εθνικό Μητρώο Αγροτικών Συνεταιρισμών στις διατάξεις του ν.4384/2016 έως την 31η Δεκεμβρίου 2017 ενώ οι ΑΣ που δεν έχουν υποβάλλει αίτησης πρώτης εγγραφής στο Μητρώο καθώς και αυτοί που έχουν καταχωριστεί σε αυτό ως ανενεργοί μπορούν έως την 31η Δεκεμβρίου 2017 να συγχωνευθούν με άλλον υφιστάμενο ΑΣ, που είναι εγγεγραμμένος στο Μητρώο, ή να αποφασίσουν τη λύση τους και τη θέση τους σε εκκαθάριση.